Fledermäuse werden vorrangig anhand der von ihnen selbst ausgehenden Echoortungslaute erfasst und dokumentiert. Optische Erfassungen der nächtlich aktiven Tiere sind den akustischen nachgeordnet. Netzfänge bedürfen einer behördlichen Ausnahmegenehmigung und sind in Planungsverfahren meist nicht erforderlich.

Zur Anwendung kommen regelmäßig zwei Erfassungsmethoden:

Unter „Transektkartierung“ ist eine bodennahe mobile Geländeerfassung der von Fledermäusen ausgehenden Ultraschallaute zu verstehen.

Die Rufe der Fledermäuse können hierbei entweder mit einem Detektor zeitgleich für den Erfasser dargestellt werden oder besser mit einem Ultraschall-Aufnahmegerät dauerhaft aufgezeichnet werden. Wogegen mit dem Detektor eine Dokumentation und Artbestimmung sofort vor Ort durchgeführt werden muss, ist es bei Ultraschall-Aufzeichnungsinstrumenten möglich im Büro eine qualifizierte Nachbestimmung und eine zeitlich punktgenaue Verortung im Untersuchungsgebiet vorzunehmen.

Diverse Software unterstützt die Determination der Arten. Zusätzlich zu einer softwaregestützten Vorbestimmung der Arten erfolgt generell eine individuelle fachliche Kontrolle jeder Determination.

ECOLogie verwendet gegebenenfalls eine Kombination beider Erfassungsgeräte und garantiert somit eine sehr gute Darstellung der tatsächlichen Fledermausaktivitäten im Untersuchungsgebiet.

Vorteil der mobilen und flexiblen Vorort-Untersuchung ist eine Erfassung der Individuenzahl und deren Flugrichtung. 

Unter „stationärer Fledermauserfassung“ ist eine mehrnächtige und ortsfeste Aufzeichnung der von Fledermäusen ausgehenden Ultraschallaute zu verstehen.

Für eine stationäre Geländeerfassung werden mit Ultraschallmikrophonen ausgestattete Aufnahmesysteme, die umgangssprachlich als „Horchboxen“ bezeichneten werden verwendet.

ECOLogie verfügt über eine große Anzahl dieser im Gelände installierbaren hochqualitativen Aufnahmesysteme für Fledermausrufe. Diese kleinen, unauffälligen, programmierbaren und über Akkumulatoren betriebenen Horchboxen, erfassen alle relevanten Daten vollautomatisch in einer sehr hohen Empfindlichkeit und Aufnahmequalität. Die Determination der Arten findet nachträglich am PC mit Hilfe spezieller Programme statt.

Es können generell Fledermausaktivitäten in einem sehr großen Plangebiet sicher erfasst und beschrieben werden. Eine mobile Geländearbeit über zusätzliche Transektkartierungen bleibt in aller Regel weiterhin notwendig.

Vorteil der stationären Vorort-Untersuchung ist eine netzknotenförmige Langzeiterfassung des gesamten Artenspektrums und der Aktivitätszyklen der Fledermäuse im Untersuchungsgebiet.